Hacia 1994-95, un grupo de connotados especialistas conocido como la Comisión Gulbenkian, celebró una serie de reuniones en Lisboa, Binghamton y París, con la finalidad de revisar el estado que a la fecha observaban las ciencias sociales. La preocupación central de dicha comisión consistió en sugerir formas de trascender los paradigmas clásicos que daban la espalda a lo local y privilegiaban a lo estructural, a la vez que constituían “irrazonables bloques” que mantenían a las distintas disciplinas en un estado de incomunicación total.

En sus conclusiones, la comisión Gulbenkian expresó entonces que para este propósito, los estudios culturales contenían un valor especial para la ciencia, a más de una pertinencia en el campo estratégico, ya que respondían a los desafíos actuales de la multiculturalidad, abrían a las universidades al conocimiento profundo de lo local, y construían puentes entre las ciencias sociales a través del trabajo interdisciplinario. Sobre esta base se recomendó entonces que se constituyeran institutos de estudios culturales, en donde los profesores e investigadores tuvieran una filiación múltiple al interior de la universidad, y en donde se impartieran una serie de cursos interdisciplinarios.

En atención a estas recomendaciones, en 2003 se crea el Centro de Estudios Culturales y para su sede, se elige al hasta entonces Museo Universitario, propuesta sustentada, por un lado, en el reconocimiento de aquellos beneficios que el nuevo centro pudiera obtener de la experiencia del museo, y por otra, del enriquecimiento que el museo alcanzaría con su transformación en centro de estudios culturales.

En 2005, el Centro de Estudios Culturales-Museo se transforma en Centro de Investigaciones Culturales-Museo (CIC-Museo).

Finalmente, en septiembre de 2011, en sesión de la Comisión Permanente de Asuntos Técnicos del Honorable Consejo Universitario de la Universidad Autónoma de Baja California, se aprueba la propuesta para transformar el Centro de Investigaciones Culturales-Museo, en Instituto de Investigaciones Culturales-Museo, que presenta el Consejo Técnico de la propia unidad académica, y cuya vigencia iniciaría a partir del ciclo escolar 2012-1.